Z czasem ks. Gurgacz coraz bardziej zdecydowanie zabierał głos w sprawach społecznych. W czasie nauk rekolekcyjnych przed Wielkanocą 1948 r. szczególnie mocno podkreślał rozbieżności między nauką Chrystusową a rzeczywistością komunistyczną. Prawdopodobnie dlatego dwukrotnie podjęto próbę zamordowania księdza. Wówczas, w obliczu bezpośredniego zagrożenia życia, namawiany przez partyzantów do objęcia opieki duchowej nad organizacją, ks. Gurgacz podjął decyzję o ucieczce z miejsca zamieszkania i przyłączeniu się do oddziału „Żandarmerii” PPAN. Ks. Gurgacz przybrał pseudonim „Sem”. Niósł duchową pociechę coraz silniej osaczanym przez bezpiekę konspiratorom. Żołnierze PPAN unikali starć zbrojnych, nie przeprowadzali w zasadzie akcji represyjnych wymierzonych w działaczy komunistycznych, a rekwizycji pieniędzy i towarów na rzecz oddziału dokonywali tylko w instytucjach państwowych – nigdy na szkodę osób prywatnych.

Wiosną 1949 r. okazało się, że oddział nie miał już prawie środków do prowadzenia dalszej działalności. Nękały go także coraz częstsze obławy UB i wojsk KBW. Zdecydowano się wówczas na podzielenie oddziału na trzy grupy, co miało ułatwić przetrwanie. Pierwszą, najliczniejszą, dowodził „Emir”, drugą – Mieczysław Rembiasz „Orlik”, trzecią – ppor. Stefan Balicki „Bylina”. To właśnie w pododdziale „Byliny” znalazł się ks. Gurgacz.

Podział grupy nie poprawił trudnej sytuacji organizacji – nadal brakowało pieniędzy, które potrzebne były przede wszystkim do „zalegalizowania” na Ziemiach Zachodnich nowego życia jej członków. Postanowiono wówczas przeprowadzić jednorazową rekwizycję pieniędzy należących do państwowego banku. Akcję kilkakrotnie odkładano, ostatecznie zrealizowano ją 2 lipca 1949 r. Nie wszystko jednak poszło zgodnie z planem. Niosący pieniądze woźni stawili opór, doszło do pościgu i strzelaniny, w wyniku której ujęto wszystkich członków grupy.

Ks. Gurgacz, pełniący podczas akcji funkcję obserwatora, miał szansę wyjechać z Krakowa, ale nie zdecydował się na opuszczenie współtowarzyszy. Tłumaczył: „Nie uciekłem po napadzie, który miał miejsce w dniu 2 lipca 1949 r., ponieważ nie chciałem pozostawić członków organizacji i tak samo jak i oni chciałem ponieść odpowiedzialność”.

Ujęcie ks. Gurgacza stało się pretekstem do przygotowania rozprawy „ze szczególnym rozgłosem”. Sprawa pododdziału PPAN dowodzonego przez Stefana Balickiego „Bylinę” stała się „procesem księdza Gurgacza”, ponieważ pasowało to do politycznego scenariusza pisanego przez komunistów (ksiądz na czele „bandy”, ksiądz z mszałem i pistoletem, ksiądz zachęcający do „rabunków” państwowego mienia).

13 sierpnia 1949 r., w ostatnim dniu procesu, prokurator zażądał dla oskarżonego kary śmierci.

Według relacji zebranych przez Danutę Suchorowską, ks. Gurgacz miał w ostatnim słowie powiedzieć m.in.: „Moje czyny były zgodne z tym, o czym myślą miliony Polaków, tych Polaków, o których obecnym losie zadecydowały bagnety NKWD. Na śmierć pójdę chętnie. Cóż to jest zresztą śmierć?… Wierzę, że każda kropla krwi niewinnie przelanej zrodzi tysiące przeciwników i obróci się wam na zgubę”.

Dzień później 14 sierpnia 1949 r. WSR w Krakowie wydał wyrok skazujący ks. Gurgacza na śmierć. Egzekucja nastąpiła 14 września 1949 r. na podwórku więzienia przy ul. Montelupich. Kapelan został potajemnie pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie. Jego szczątki odnaleziono w październiku 2018 r. podczas prac poszukiwawczych IPN.